Zespół romańskiej katedry, tzw. „Hermanowskej”

Najpóźniej z końcem XI wieku, rozpoczęto przebudowę świątyni katedralnej. Rozebrano znaczną część (całą?) katedry przedromańskiej a uzyskany materiał wykorzystano do budowy fundamentów nowego kościoła. W wyniku procesu budowlanego, który trwał, co najmniej pół stulecia, powstała na Wawelu okazała świątynia, której część zachodnia – krypta i fragmenty dwu wież zachowały się do dnia dzisiejszego.

Nowa katedra była założeniem zamkniętym od wschodu i zachodu dwiema apsydami, z dwiema kryptami: większą, zachodnią p.w. św. Leonarda, i mniejszą, o nieznanym wezwaniu, pod chórem wschodnim.

Główne wejście, jak wskazują wizerunki świątyni na pieczęciach kapituły, znajdowało się pośrodku ściany południowej.

Najlepiej zachowana jest krypta św. Leonarda, o wymiarach 10 x 15 m. Halowa, zakończona apsydą o średnicy 8 m., jest podzielona na trzy nawy ośmioma parami kolumn, z których para zachodnia posiada nieco większą średnicę. Najpewniej kolumny te podtrzymywały ołtarz znajdujący się na górnym poziomie. Kapitele reprezentują formy tzw. „kostkowe”. Bazy pary zachodniej są „uzbrojone” w narożne „żabki”, których nie posiadają pozostałe kolumny. Krzyżowe sklepienie wspiera się na gurtach, rozpiętych pomiędzy kolumnami oraz pilastrami przyściennymi. Odsadzka fundamentowa, wystająca ponad posadzkę świadczy, iż w trakcie budowy dokonano zmiany koncepcji poziomu użytkowego.

Z wystroju rzeźbiarskiego zdobiącego katedrę, poza detalem zachowanym wewnątrz krypty św.Leonarda, znane są jedynie pojedyncze egzemplarze, m.in. fragment nadproża z wyobrażeniem „bazyliszka”, pochodzący z południowego portalu prowadzącego do tejże krypty.

Pomiędzy kryptą a wieżami zachodnimi znajdują się dwa przedsionki, zamknięte od wschodu prostymi portalami ciosowymi, zaś ku zachodowi otwarte szerokimi arkadami. Taka konstrukcja zachodniej fasady katedry jest odpowiednia dla istnienia atrium. Jego skromne, lecz wyraźne ślady stwierdzono w roku 2005. Odkryte mury i negatywy należały do galerii północnej i południowej. Zachodnią całkowicie zniszczyła późniejsza zabudowa.

Ze źródeł pisanych wiadomo, że rezydencja biskupów krakowskich do wieku XIII znajdowała się na Wawelu. Tu mieściło się najpewniej także monasterium kanonickie. Być może jeden z tych obiektów odkryto niedawno po północno-zachodniej stronie katedry, przed budynkiem Muzeum Katedralnego. Zachowały się jedynie odcinki fundamentów oraz negatywy murów budynku, złożonego co najmniej z trzech pomieszczeń, wchodzące w głąb piwnic wielkiego spichlerza (tzw. „kamienicy sepnej”) wzniesionego na dawnej parceli biskupiej prze króla Kazimierza Wielkiego.